Institut za javno zdravlje je visokospecijalizovana zdravstvena ustanova na tercijarnom nivou zdravstvene zaštite, čija je djelatnost usmjerena na očuvanje i unapređenje zdravlja svih građana. U obavljanju djelatnosti Institut vrši sljedeće poslove:
prati i stručno metodološki kontroliše sprovođenje preventivnih programa od interesa za Republiku, i u tom cilju koordinira i usmjerava rad svih zdravstvenih ustanova na teritoriji Republike;
prati, istražuje i analizira epidemiološku situaciju zaraznih i nezaraznih bolesti od većeg socio-medicinskog značaja, predlaže, organizuje i sprovodi mjere preventivno/medicinske zaštite;
stručno metodološki koordinira i usmjerava stručni rad zdravstvenih ustanova koje obavljaju higijensko-epidemiološku djelatnost, i drugim oblastima iz djelatnosti Instituta;
predlaže i sprovodi mjere u pogledu kontrole zdravstvene ispravnosti životnih namirnica i predmeta opšte upotrebe, kontrole higijenske ispravnosti vode za piće, površinskih i otpadnih voda;
prati, analizira i ocjenjuje uticaj kvaliteta životne sredine (vazduh, zemljište i buka) na zdravstveno stanje stanovništva;
prikuplja i obrađuje propisane zdravstveno-statističke podatke;
sprovodi statistička istraživanja iz oblasti zdravstva u cilju praćenja i ocjene zdravstvenog stanja stanovništva i iz oblasti organizacije i rada zdravstvene službe;
vodi zdravstvene evidencije od interesa za Republiku;
prati i istražuje razvoj i organizaciju zdravstvenog sistema, radi analize o organizacionim problemima, problemima zdravstvene infrastrukture i zdravstvenim resursima; 
prati i istražuje mogućnosti unapređenja zdravstveno-informacionog sistema;
izrađuje predlog planova kadrova i ostalih resursa u zdravstvu, planova profila specijalizacija u zdravstvenim ustanovama čiji je osnivač Republika;
radi monitoring planova rada zdravstvenih ustanova, izradu i evaluaciju republičkih planova i programa razvoja i prati kvalitet zdravstvene zaštite; 
učestvuje u preventivnom nadzoru nad projektovanjem i izgradnjom građevinskih i drugih objekata i u izradi prostornih i urbanističkih planova sa gledišta zaštite i unapredjenja životne i radne sredine i zdravlja gradjana;
prati, analizira i ocjenjuje higijenske uslove i bezbjednost školske i radne sredine;
vrši mikrobiološke i parazitološke, hemijske, biološke, toksikološke, biohemijske i druge laboratorijske analize;
planira, predlaže i sprovodi mjere za očuvanje i unapređenje zdravlja stanovništva, zdravstveno-vaspitnim aktivnostima i putem medija, posebno marginalnih populacionih grupa;
prati, proučava, predlaže, sprovodi i unapređuje mjere na planiranju porodice (reproduktivnog zdravlja), zdravlja majke i djeteta, radno aktivnog stanovništva i starih lica;
učestvuje u izradi i vrši monitoring standarda i normativa zdravstvenih resursa,
organizuje edukacije iz javno-zdravstvene djelatnosti;
sprovodi nastavu za studente fakulteta zdravstvenog usmjerenja;
organizuje i sprovodi naučno istraživačku djelatnost; 
utvrđuje i sprovodi potrebne zdravstvene mjere u vanrednim uslovima (epidemije, elementarne nepogode i katastrofe, rat...);
istražuje i razvija aktivnosti u oblasti javnog zdravlja, zdravstvenu politiku i kreira programe javnog zdravlja;
vrši nadzor i kontrolu nad štetnim biološkim agensima (putem dezinfekcije, dezinsekcije i deratizacije) i hemijskim agensima;
priprema i izdaje "Statistički godišnjak", biltene i druge publikacije vezane za djelatnost Instituta;
Naučno-istraživačka djelatnost Instituta obavlja se u skladu sa zakonom i usmjerena je naročito na: istraživanja na području javno-zdravstvene djelatnosti, i istraživanja vezana za unapređenje i razvoj zdravstvene službe.
Institut je nastavna baza Medicinskog fakulteta, koji obezbjeđuje uslove i sprovodi planove i programe Univerziteta Crne Gore, Medicinskog fakulteta, u skladu sa zakonom